秦汉之后研究战国之前的历史，主要是参考《春秋》和《史记》，这两部经典史书才是正朔和权威。但是《竹书纪年》的出现颠覆了许多《春秋》和《史记》所记载的上古历史。虽然《竹书纪年》大部分的历史事件和人物与《春秋》和史记基本吻合，但是记载的立场却相差很远。甚至完全与我们认知的历史不同，现举例如下：
一、《春秋》中的尧舜禹实行的禅让制，在《竹书纪年》中被推翻。《竹书》是这样描绘禅让制的：舜囚禁尧，夺取帝位；杀死同党称为四凶；禹据夏地抗舜，流舜于苍梧后杀死。
儒家学者在《春秋》中所推崇的上古三皇五帝的禅让制，《竹书》中被描绘成厚黑、宫斗、血腥的夺权战。所谓禅让制根本不存在，有的只是血淋淋的你死我活的争权夺势。
二、《竹书纪年》记载一代贤公伊尹是这样记载的：伊尹放太甲于桐，乃自立。七年，王潜出自桐，杀伊尹。直白的意思就是伊尹将年幼的商王太甲流放，自己直接篡位，后被杀。
而《春秋》和《史记》都记载是因为太甲贪玩被伊尹关闭，后太甲承认错误，伊尹复位太甲并辅佐他治理国政。如此明君贤臣的典故在《竹书》却被颠覆，一代大贤伊尹完全是个乱臣贼子了。
三、关于被后世所推崇的周公辅政的历史，《竹书纪年》根本没有提到。周公、召公联合执政的事迹在《竹书》表述为：诸侯国共国伯和代周天子执政，甚至连周成王重大的活动都没有记载。
按说伊尹的事迹都记载了，周公这么大的人物《竹书》不应该忽略。以至于很多人怀疑所谓的周公辅政是儒家学者根据伊尹的事迹杜撰出来的。
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