，一路上向其详细说明了情况，并恳求对方不可轻举妄动。秩父宫神色凝重地听着，一言不发。火车一到达东京上野车站，秩父宫就在大批军警“护送”下被带入了皇宫，和叛军隔离起来。见情势如此，秩父宫只好在当天晚上拜谒了哥哥，并作出了服从天皇的保证。
由于二二六事件直接威胁到了天皇的统治权，因此对叛乱军官的处置也异乎寻常的严厉。陆军首脑部吸取相泽案件公审的教训，对政变主谋实施军法审判，审判过程不公开，不设辩护律师，一审即终判。7月5日，军法会议判处在政变中起领导作用的矶部、香田等17名军官死刑。有意思的是，宣判里一点没有提到谋杀罪，判刑的唯一根据是，这些军官犯了未经天皇批准而擅自动用皇军之罪。在幕后支持暴动的北一辉和西田税、以及砍杀永田的相泽三郎也被处死，其余的士官和士兵则被免于处分，因为他们只不过是遵从上级的命令。这次对政变军人惩处的严厉程度，远远超过了此前历次的处理，明显地带有彻底根除皇道派及北一辉影响的意图。在军部上层，统制派也趁机进行了大规模人事“整肃”。荒木、真崎和川岛陆相被解除现役，陆军的12位大将中有9人于1936年4月底退出现役，其中就包括皇道派核心人物荒木贞夫大将、真崎甚三郎大将、川岛义之大将和本庄繁大将。其他如山下奉文、香椎浩平、桥本虎之助和柳川平助等军官，也因为持有皇道派观点或对叛军持同情态度而被剥夺现役身份或调离核心职位。所有倾向于皇道派思想的军官均被从陆军核心部门清除出去。至此，统制派彻底掌握了陆军实权，确立了对陆军的绝对控制。讽刺的是，皇道派发动政变时所积极追求的目标，例如军部独裁、国家政权法西斯化，在政变失败后反而得以实现。这不仅是因为同属法西斯派别的统制派牢牢掌握了军部大权，而且内阁也被以新首相广田弘毅（曾经参加过“黑龙会”的法西斯主义者）为首的文官法西斯集团所控制。时任关东军宪兵司令兼关东军警务长的东条英机，因在叛乱发生时坚定支持平叛，对关东军内部皇道派势力进行了严厉镇压，得到了天皇及军部的赏识，于1936年12月被晋升为陆军中将，1937年3月升任关东军参谋总长，从此仕途一帆风顺，从此他继承了永田铁山在统制派和裕仁棋局里面的位置，直到他后来身兼首相、陆相、参谋总长，将日本拖进太平洋战争的深渊。
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