起初，王允任命同郡人宋翼为左冯翊，王宏为右扶风。李傕等想要杀死王允，又恐怕他们起兵反抗，于是先要献帝下诏征召宋翼、王宏。
王宏派人对宋翼说：“郭汜、李傕因为我们两人在外，所以不敢杀害王允。如果今日应召，明日就会全族被害，你有什么办法吗？”
宋翼回答说：“虽然祸福无法预料，然而皇帝的诏命是不能违抗的。”
王宏又使人说：“关东诸州、郡的义兵好象滚水沸腾，想要诛杀董卓，如今董卓已死，他的党羽容易制服。如果起兵一同讨伐李傕等人，与关东诸军相互呼应，正是转祸为福的上策。”
宋翼不同意，王宏孤立不能成事，于是双双接受征召。
一到长安，李傕便将王允、宋翼、王宏，一齐处死。王允的家小也都被杀死。
王宏临死之前辱骂道：“宋翼，你这个没用的腐儒，真不足以与你商议国家大事！”李傕把王允的尸体放置在闹市之中，没人胆敢前去收尸。王允从前的部属、平陵县县令京兆人赵戬，毅然放弃官位，将王允的尸体收葬。
当初，王允将讨伐董卓的功劳全都归于自己。由于士孙瑞的功劳归给了王允，没有封侯，因而这次能够幸免于难。士孙瑞此人，立下大功而不夸耀，从而保全了全家的性命，确实是一个智慧过人的人。
在关东诸侯都在你争我夺，相互攻打的时候，以王允为代表的一批汉室忠良还在为这个摇摇欲坠的社稷而呕心沥血，卧薪尝胆。
王允忍辱苟且，表面上对董卓言听计从，取得董卓的信任。暗地里积极组织和筹备反董卓的斗争。王允首先与司隶校尉黄琬、尚书郑泰等人共同商议诛杀董卓的计策。为了控制一定武装力量，王允等人极力向皇上推荐、保举护羌校尉杨瓒行使左将军的权力；同时还举荐执金吾士孙瑞担任南阳太守，掌握一定的地方势力，并且命令他借讨伐袁术为名，带领兵马出道武关，实则为多路夹击董卓作准备。
士孙瑞的行动引起了董卓的怀疑，他决定把士孙瑞留在都城。王允听说后，便顺从董卓的意思，擢升士孙瑞为仆射。另外又擢升杨瓒为尚书，为最后反击董卓作准备。
初平二年，董卓封王允为温侯，食邑五千户。王允想拒绝，士孙瑞对他说：“在大事没成功之前，不能有丝毫破绽，您与董卓加官进爵，朝廷百官都瞻仰您的崇高品节，何乐而不为呢？不要因意气而误了大事啊！”王允一听有道理，便受命听封。
192年春天，天下遭受严重的自然灾害，连续下了两个多月的雨。王允和士孙瑞、杨瓒等人借登台祭祀乞神降雨之机，紧急商议谋杀董卓的行动方案。
士孙瑞严肃地对他们说：“自从去年岁末以来，太阳阴晦不照，淫雨连绵不断，这种暗无天日的日子应该有个尽头。现在我们时机已基本成熟，如果不把握天机，先发制人，恐怕以后后患无穷啊！请你们认真考虑考虑。”
王允很赞同士孙瑞的意见，决定伺机尽早行动，以图董卓。可是，董卓爪牙密布，戒备森严，而且他本人力大无比，凶残毒辣，如果不采取万全之策，一旦失手，恐怕后果难以设想。王允提议，可以安插内应，里应外合，杀他个措手不及。此时勇冠当世的吕布送上门来，与王允一拍即合，于是诛杀董卓的计划得以实施。
王允死后，“天子感恸，百姓丧气”。
王允的坎坷一生中，另有一件事情也值得提及：即他对汉代图书、档案等文化典籍的收集和保护。董卓迁都长安时，王允特意把兰台、石室两个藏书馆所藏的图书和档案全部收集整理，用箱子运往长安。“诸藏典策文章，宽共部散，其缣帛图书，大则连为惟盖，小乃制为滕囊。”后来，王允又收集了汉朝其他书籍，一律上奏珍藏，“经籍具存，允有力焉”。
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