驻守西安府城的汉军明智的选择了投降，少量满八旗和蒙八旗的军士，被汉军全部斩杀，或许到了这个时候，汉军军士郁闷的气息才彻底爆发出来，从京城出发的一万汉军，潼关之战被硬逼着进攻，几乎损失殆尽，若不是依靠部分的汉军军士操控红夷大炮，恐怕一个汉军军士都不要想着活下来。
这一战朝廷大军收获太丰盛，缴获的黄金白银超过四千万两，粮食四万多石，还有十多门红夷大炮，以及数量不菲的虎蹲炮、弗朗机等等。
黄金白银以及粮草，绝大部分都是李自成通过追饷令获取的，如今全部归于朝廷。
留守西安府城的孔友德、耿仲明和尚可喜三人全部被活捉，因为看守汉军军士的疏忽，孔友德在营房里面自尽身亡，新任陕西总兵黄得功请示朱慈烺之后，毫不留情的斩杀了耿仲明和尚可喜两人。
如何处置被看押的近三万原大顺军军士，令黄得功头疼，这些投降的军士，早就被杀戮吓破了胆，进入军中是不可能了，如果安置到地方上去，又需要有人看守，免得有些蠢蠢欲动之人从中作乱，还是朱慈烺一句话提醒了黄得功，这些大顺军的军士，不久之前还是流民和百姓，让他们回到地方去耕种土地，没有多大的麻烦。
黄得功没有多少学识，亦不会处理地方上的政务，也不耐烦做这些事，处置陕西各地事宜暂时以内阁大臣、兵部尚书史可法为主，因为需要处置的事情颇多，朱慈烺在西安府城停留了三天的时间。
陕西一地，严重缺乏地方官员，特别是地方的主官，史可法建议从南方各地抽调官吏进入陕西，担任府州县的主官，朱慈烺没有采纳这个建议，开年之后就是会试，朱慈烺内心已经有了定夺，在使用官员这件事情上面，他要拟出来全新的条陈，要对全国的各级主官进行全面的考核，彻底清理那些占着茅坑不拉屎的蠹虫。
朱慈烺亲笔写下诏书，要求大同总兵姜骧前往西安府城，原徐州总兵胡华山出任大同总兵，至于说姜骧如何安排，朱慈烺还没有考虑。
大同一地位置太过于关键，务必派遣得力之人驻守，至于说南直隶各地，不需要设立那么多的总兵，譬如说庐州、徐州和凤阳等地，不管是总督还是总兵，都要撤销。
大战之后剩下的十二万多军士，杨文聪率领其中两万人，已经赶往山东德州，黄得功麾下近三万人全部留在陕西，胡华山率领两万人赶赴大同，其余军士跟随河南总兵孙明凯暂时返回河南，过了潼关之后，将交于四川总督马士英指挥，进入四川彻底剿灭张献忠。
史可法提出了建议，等候在湖广郧阳的邓世秋，麾下有五万军士，马士英若是率领十万大军近川，总兵力达到了十五万人，剿灭张献忠不需要如此之多的兵力，再说了，多尔衮若是真的领兵进攻山东德州，黄得功与胡华山率领的兵力进逼京城，看上去有些单薄，还是应该留下一部分兵力驻守河南，这样陕西与河南两地都能够迅速稳定下来。
朱慈烺略微考虑之后，同意了史可法的提议，改由马士英率领参加了马栏山之战的五万精锐军士进入四川，与邓世秋率领的五万大军合兵一处，剿灭张献忠，稳定四川的局势。
征伐八旗军的明军还剩下五万人，按照史可法的提议，其中两万人留在河南，归于河南总兵孙明凯指挥，两万人暂时留在西安府城，准备进驻北直隶和京城，其余一万余人跟随皇上前往南京。
作战缴获的粮食全部留下，陕西与河南两省各自分配两万石，缴获的黄金白银，陕西与河南两省各自留下五百万两，其余全部押解到南京去，扣除需要抚恤和赏赐的部分，还可以省下一千五百万两白银，户部的日子能够好过很多了。
因为兵力的调动，马士英率领等候的五万军士之中的三万人经过潼关，抵达西安府城，其余两万军士原
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