接下来，不出两个月时间，整个滇蜀之乱就彻底平定了，两地百姓也恢复了正常生活和生产。这个时候，嘉靖的圣旨也下达到汉中，鉴于黔国公沐绍勋起兵事出有因，所以赫免了沐绍勋及其麾下的死罪，但作为惩罚，从即日起革除沐绍勋云南镇守的职务，保留其黔国公的爵位，回京担任中军都督府都督，其麾下的将领则降级调动到异地任职。
沐家为大明镇守云南一百多年，如今嘉靖撤了沐沐绍勋云南镇守一职，意味着沐绍勋以后便得在京城老实做个闲散国公了，虽然心有不甘，但好歹保住了爵位和性命，所以沐绍勋也只好捏着鼻子认命了，而他麾下的将领就算不满也闹不出什么乱子来，兵权都交出来了，还闹个屁？敢不老实服从调职，难道徐砍头的刀不利乎？
接下来，戚景通恢复了安远侯的爵位，并被任命为新一届的云南镇守，与此同时，徐晋还推荐了徐阶出任云南提刑按察使。徐阶此子是个人才，但终究是不太接地气，所以徐晋特意举荐他到地方任职积累治政经验，为今后入阁拜相打好基础。
现在嘉靖对徐晋几乎是有求必应，所以徐晋的推荐奏本一送上去，嘉靖立即就批准了，徐阶随即收拾行李走马上任。
嘉靖十年七月初七，滇蜀两地的所有事情都安排妥当了，徐晋亲自去了一趟新都祭拜了杨廷和的坟墓，然后就率着大军班师回朝了。
八月初，徐晋率军回到了河北省境内时，山东也传来了好消息，谢二剑和余林生二人科于剿灭了张琏一伙乱贼，贼首张琏、张策、萧晚相继伏诛，至此，大明境内的民乱全部平息，唯独西域的战事未了，但毕也无损大明的根基，影响不大，嘉靖终于可以高枕无忧了！
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