起，并且一点点消失，最后变成了一个无嘴人！
观众们惊呆了，剧情烧脑不说，画面还极具冲击力。紧接着，令人更加惊悚的一幕发生了，尼奥被按在审讯桌上，史密斯特工拿出一只长满触手的大虫子，虫子很快就钻进了尼奥的肚子里。
画面突然切换，尼奥从梦中惊醒，似乎刚刚发生的只是一场梦。尼奥和崔尼蒂再次见面时，崔尼蒂用机器从尼奥身上吸出了那只虫子，证明了史密斯特工动了手脚，并不是尼奥的梦境。
看过小说的观众多少了解这是怎么回事，但是没看过小说的人却有些懵逼。
尼奥和墨菲斯的对话中，观众们终于开始明白了电影所要表达的内容。
这个世界是一个没有知觉的牢狱，母体无处不在。
尼奥最终选择了吞下一个药丸，画面顿时变得扭曲了起来。
“如果你想脱离梦魇，去真实世界看看……”墨菲斯的这句话让观众们感受到了深深的寒意。
类似培养槽的设施中。一个人挣扎的爬了起来，他身上插满了管槽！虽然光头光身，但观众们还是一眼认了出来，这是科比饰演的尼奥！
画面中，一眼望去，无数的类似培养槽的设施摆放在了旷野中，除了偶尔亮起的闪电，从地面到天空，都是一片漆黑。其中隐约可见飘动的乌云和尘埃，完全是一副末日般的景象。
“欢迎来到真实世界！”墨菲斯神经兮兮的说道。
尼奥回到了真实的世界，渐渐恢复了正常，只是那满身的插口看起来非常骇人。银幕上，尼奥躺在了座椅上，长长的针头深入了他脑后的插孔，一个完全不同的世界出现了。
母体，电子信号，真实的世界，矩阵世界……一个个答案和解释在墨菲斯口中道来。
影片继续，有人叛变，有人牺牲，特工史密斯带来一大批警察包围了尼奥和墨菲斯等人所在的大楼。
墨菲斯为了救尼奥，被迫直面硬刚史密斯，却根本不是对手，在他的掩护下，其余人陆续冲出重围，中途溜掉的叛徒赛弗第一个回到了现实世界。
崔尼蒂和尼奥等人被困在一座废弃的酒店里，赛弗自以为干掉了坦克兄弟，开始了惯常的反派死于话痨的模式。
在最危急的时刻，坦克重新站起来干掉了赛弗，尼奥和崔尼蒂从矩阵世界中逃了回来，但墨菲斯却被特工抓走了。
如何对待墨菲斯，尼奥、崔尼蒂和坦克产生了分歧，墨菲斯掌握着人类最后的据点锡安主机的登陆密码，如果密码泄露。母体可能对锡安造成致命的威胁，因此坦克主张拔掉墨菲斯链接矩阵世界的插头，以他的死来保证锡安的安全。尼奥却执意要去救回墨菲斯，最终崔尼蒂跟他同行。
尼奥和崔尼蒂在准备枪械武器，史密斯特工则在审问墨菲斯。尼奥和崔尼蒂杀入了大楼，与上百名警卫激烈交火，双方隔着一段距离猛烈开火，子弹仿佛空气一般密集，弹壳如同雨点一般落下，大楼的廊柱被子弹打成蜂窝，又变成碎块，大理石和混凝土碎块四散飞溅。
在矩阵的虚幻世界中，牛顿的棺材板早已被碾压成了齑粉。尼奥和崔尼蒂向着警卫们冲去，闪电一般杀入到了人群中。尼奥黑墨镜、黑风衣，动作花哨而迅猛。崔尼蒂黑墨镜、黑色紧身皮衣，出手迅捷而凌厉。两人枪械结合近身搏击，完全颠覆了好莱坞式的传统动作模式，将潇洒、酷帅和漂亮性感的一面发挥到了极致。
尼奥和崔尼蒂杀入了大厅，乘坐电梯向着顶楼进发，安放的炸弹接连爆炸，几乎摧毁了大厦的下半部分。尼奥和崔尼蒂跑到楼顶，在直升飞机前遇到了特工的阻拦。
“崔尼蒂，帮我！”
子弹从特工的枪口中射出，尼奥后仰躲避，镜头瞬间放慢，却偏偏又感觉很快，子弹的飞行
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