军内形成一种逆向的思维，认为伊藤博文怯懦，那么，身为其对手，山县有朋如果也跟伊藤一样的选择，同样也会被军队所轻视，这对以军队为自己根基的山县有朋来说是相当不利的。所以，他只有选择出兵。至于第三，棉兰老岛貌似难打，却实力弱小，不欺负它欺负谁啊？
……
“不过很可惜，那些土著虽然没什么实力，可打闷棍暗杀什么的却是一把好手，就算你们能够占领棉兰老岛，恐怕也要付出相当的代价，并且难得太平。而且……美国人正在大建海军，你们能占据棉兰老岛又怎么样？海上实力不行，到时候，老子在国会山拨拨弦，该怎么拿捏你们就怎么拿捏你们。”
……
1890年七月，日本政fu驻美国大使陆奥宗光与美国国务卿贝亚德经过谈判，签署了《棉兰老岛开发协议》，将菲律宾第二大岛棉兰老岛“租借”与日本政fu进行开发建设，并许诺其享有一定的驻兵权。租借斯初步定为二十年，在租借期间，日本必须在一年内完成对棉兰老岛上的叛军的清剿，并在日后保证棉兰老岛的社会“安定”，保证遵守美国和菲律宾当地法律，并且向美国驻菲律宾当局缴纳税收，在必要的时候，驻菲律宾的美军当局有权调遣驻棉兰老岛的日军……协议期满，双方可视情况续约，或者重新订立其他协议。如果美国到时要坚持收回棉兰老岛，那么，美国政fu必须保证日本公民在棉兰老岛上的合法权益等等。此协议生效后，双方不得单方面毁约，一旦了现违约或者毁约的行为，出一问题的一方必须向另一方进行赔偿……
协议签订之后，美国人毫无反应，日本国内却是一片欢腾。
协议达成这后仅仅一个星期，两个联队的日本陆军就在其海军的护送下到达了菲律宾吕宋岛，在与当地的美军进行了短暂的交流之后，这支日军就继续前往棉兰老岛，并与驻扎在岛屿外围据点的清军开始进行交接。一个月后，总数一个旅团的日本陆军进驻棉兰老岛，并且开始出现水土不服的现象。但日军高层并没有将这些事情放到心上，在与清军完成交接之后，立即就展开了对棉兰老岛上的土著叛军的围剿……
到1890年十月，日军因为战事以及伤病等原因，阵亡达八百余人，另有将近一千余人失去战斗力，旅团长大佐大岛义昌也因感染痢疾而发起了高烧，几乎重病不起，被迫回国养病。日军攻势受挫。
1890年11月，日军再次向棉兰老岛增兵一个混成旅，以少将川村景明为指挥官，再次对棉兰老岛的叛军进行扫荡。
1891年1月，日军已经占据棉兰老岛一半的土地，但叛军借助地利，依旧不停的对日军展开反击。而在土著出其不意的袭击以及当地湿热的天气等问题，日军在两个月内再次出现大幅度的减员，总数超过两千人的士兵失去战斗力。
此时，远在日本的山县有朋等人才知道自己接下了一个烫手的山竽。但是他们已经骑虎难下。而且，通过前线日军的考察，他们发现棉兰老岛远比想象的更加富饶，尤其是那大片大片未开发的肥沃土地，一年四季都可以进行种植……所以，经过商议，日本再一次派出了一个师团，以中将儿玉源太郎为首，率东条英教、小川又次、田村怡与造等陆军精英前往菲律宾。而与之同行的，还有大批贫苦的日本农民……
就这样，一直到1891年6月，日军终于初步扫清了棉兰老岛，虽然还有零星的反抗，但已经难以影响大局。但是，在这将近一年的扫荡中，日本付出了大量的伤亡，一个师团又两个旅团，光是阵亡就有将近四千人，另有六千多人受伤以及五千多人染病……如果不是因为死命坚持，部队可能早早地就失去了战斗力。
不过，虽然伤亡惨重，日本人还是觉得物有所值。勤劳肯干的日本农民在棉兰老岛进行了大面积
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