拱通过门生腹心散布言论，安抚言路诸官说，“徐阶昔日对我有恩情，后来因为小事不睦，不足以怨恨”，“我自当彻底改变过去不好的思想和念头，与诸君共同治理朝政”。
言之凿凿，颇为大度，于是人心稍安。
……
隆庆四年（1570年）八月，北边有警，拱以尚书陈希学、曹邦辅，侍郎王遴各率师背城列阵以待；以京尹栗永禄、南都御史护守山陵；又起御史刘焘在天津守通粮，而以总督王崇古、谭纶专征剿无内顾；以侍郎戴才理军饷。
由于布置周密，防范严谨，蒙古兵未敢入犯。
十月，俺答汗孙子把汉那吉因与祖父发生冲突，率所属阿力哥等十人前来求降。
巡抚方逢时；总督王崇古主张受降。
奏上，朝议纷然，多以为敌情叵测，不能贸然收留把汉那吉。
拱与张居正却一致支持王、方意见，请奏朱载垕加封把汉那吉为指挥使，并“厚其服食供用”，以诚相待，结得其心，朱载垕准旨。
接着拱又命边臣让把汉那吉穿锦衣、坐华车、骑好马，前呼后拥在街市行走。
俺答得晓明廷厚待其孙，深受感动，遂决意与明朝和好，请封贡之事。
此议一起，朝廷上下有如鼎沸，反对派援引宋朝讲和之例，力言不可。
拱先利用考察科道之机，将极力反对与俺答汗结好的叶梦熊“降二级，调外任”，以息异议。
他又发内阁旧藏明成祖封瓦剌、鞑靼诸王故事，拣发兵部，力主封俺答汗为王，这种将蒙古与中原看成一个整体的观念，比仅图边安的想法又一筹。
拱批评反对派：“你们这些人喋喋不休，难道是国家筹划轻重厉害吗？徒念重大，恐有不效，留为后言耳！”
遂无敢复言者。
同年，贵州抚臣告土官安国亨叛，请进剿。
拱不轻信是言，经深入察查，知“国亨非叛，而巡抚者轻听谗言以幸功也”，便专派员前去安抚释嫌，避免了一场兵戎相加。
隆庆五年（1571年）三月，明廷封俺答汗为顺义王，其他各部首领也分别封为都督指挥、千户、百户等有差。
八月，明廷又准与俺答互市。时陕西三边总督以该边不同宣、大，不欲通贡互市。拱拟旨切责。
不久陕西三边也开贡市。
几个月之间，边陲晏然，没有一个蒙古人侵扰，边境百姓丢掉戈矛而拿起锄头耕作，关城熄灭烽火可以安枕，从此基本结束了明朝与蒙古鞑靼各部近二百年兵戈相加的局面。
…………
拱居安思危，担心边方兵将因无事而疏怠偷安，再坏边备。
他一向主张“不恃人之不吾犯，恃我不可犯；不恃人之不吾欺，恃我不可欺”，强调自强。
于是再上疏，“请每岁特遣才望大臣四出阅视，以今视昔，钱谷赢几何，兵马增几何，器械整几何，其他屯田盐法以及诸事拓广几何”，明白开报，若比往昔有所增益，则与过去战时擒斩同功论赏；如果只保持以往水平，则罪如失机论处。”
朱载垕赞赏这些意见并采纳，兵部遂一一制定具体措施行之。以后的几十年中，西北边境始终安定，无大扰，此亦拱一大政绩！
……
拱在南方两广、云贵边事上亦颇多建树。隆庆初，广西古田壮族人韦银豹等据寨反明，有司多次往抚剿，均不效。
拱再起，荐殷正茂为总督往剿。
正茂任法严、善战，但性贪。拱说：“吾捐百万金予正茂，纵乾没者半，然事可立办”。
其实，他在用正茂的同时，已着眼于提擢、培养本省人才，在两广郡县中“多除制科，宽其荐额，勿拘成数
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