木华黎将军后裔的统率下，在岭东地区的活动曾经十分令人瞩目。
成吉思汗异母弟别勒古台的封地，在临潢(今巴林左旗林东)东北方，元代的泰宁路(在今吉林省洮儿河流域和前郭尔罗斯蒙古族自治县一带)，东至嫩江和松花江交汇处以西一带。另外，别勒古台的孙子爪都，曾被忽必烈汗派驻辽阳行省的陈河(今黑龙江省汤旺河)一带任探马赤。
因此，别勒古台的后裔有一部分驻牧在大兴安岭以东。根据蒙古文献记载，他们所领有的部落称为翁牛特。除此之外，大兴安岭以东还有弘吉剌特、伊奇烈思、兀鲁兀特、忙兀特等部。
元惠宗妥欢帖木儿汗从大都退回蒙古草原以后，这一地区的蒙古各兀鲁思和部落，为保卫自己的领地，防止明朝进攻，进行了积极的防御。他们往往采取以攻为守的政策。当时，木华黎后裔纳哈楚将军统率着二十万蒙古军，驻扎在辽河以北的金山到龙安(今吉林省农安县)、一图河(今伊通河)、亦迷河(今驿马河)一带，成为上述蒙古各部的防御屏障。
科尔沁部是成吉思汗二弟拙赤合撒儿及其后裔所属的部落。拙赤合撒儿的封地位于额尔古纳河流域和阔连海子(今内蒙古呼伦湖)、海剌儿河(今海拉尔河)一带。因此，这些地区也是科尔沁人游牧和活动的地域(今额尔古纳右旗境内仍然保留着拙赤合撒儿故城的遗址)。
15世纪初，阿速特部大首领阿鲁台与卫拉特部为敌时，就得到科尔沁部的支持。因此，阿鲁台和科尔沁部的关系十分友好。在卫拉特马哈木拥立德勒伯克为全蒙古大汗的同时，阿鲁台拥立了科尔沁部的阿岱台吉，亦称全蒙古大汗，阿岱汗封阿鲁台为太师。
但阿岱汗和阿鲁台太师的联合力量最终未能击垮卫拉特，并不时遭到卫拉特首领东进的威胁。15世纪20年代末或30年代初，阿岱汗和阿鲁台太师率领一部分科尔沁人东迁，到达大兴安岭以东的嫩江流域驻牧。从此，这部分科尔沁人就以“嫩江科尔沁“之名着称。仍然留驻原地的科尔沁人，则被称为“阿鲁科尔沁“。
他们之所以迁到这一地区驻牧，是因为兀良哈地区的一些蒙古封建主和阿鲁台的关系较为亲密，有的人还同阿鲁台结为儿女亲家，阿鲁台的军队中有相当数量的士兵是征自兀良哈三卫。在阿鲁台遭到明朝永乐皇帝进攻时，兀良哈三卫曾给过他多次援助。当然，也不是所有的领主都甘愿服从阿鲁台的控制和调遣。
其中，驻牧嫩江流域的福余卫的一些领主，在阿岱汗和阿鲁台太师进入其驻地时，就曾经起而反抗。结果，他们遭到阿鲁台太师的镇压，人畜被掠夺。一部分福余卫人放弃其驻地，逃往海西女真部地区。
15世纪30年代以后，驻牧嫩江流域的科尔沁部遂成为兀良哈地区比较显赫的蒙古部落。他们同兀良哈、翁牛特、乌齐叶特及其他蒙古部落共同活动和生存。所以，史书所提之兀良哈三卫，大致亦包括嫩科尔沁部。
明洪武二十年(1387)，明朝派遣冯胜、傅友德和蓝玉等率领二十万大军绕道庆州(今内蒙古巴林右旗境内)包围了纳哈楚军队驻地。纳哈楚被迫投降。
上述蒙古诸部失去屏障，其驻地随时可能遭到明朝的侵掠。二十一年(1388)，蒙古大汗脱古思帖木儿在捕鱼儿海(今内蒙古贝尔湖)被明将蓝玉的军队击败西走。这些重大的军事失败，使大兴安岭以东的蒙古诸部处于孤立无援的境地，他们只得归附明廷。
洪武二十二年(1389)，明廷在这一地区设置了朵颜、泰宁和福余三卫。朵颜卫在屈裂儿河(指洮儿河南支流归勒里河)上游和朵颜山一带;泰宁卫在塔儿河(今洮儿河)流域，即元代泰宁路;福余卫在嫩江和福余河(今乌裕尔河)流域。同时，明廷授封三卫首领以各级官职，进行笼络和羁縻。
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