分为五司。神机营专用火器。永乐时，征交址，得火器法，立营肄习。提督内臣、武臣、掌号头官的设置同三千营。
皇帝亲军共26卫(不隶属五军都督府)：锦衣卫、旗手卫、金吾前卫、金吾后卫、羽林左卫、羽林右卫、府军卫、府军左卫、府军右卫、府军前卫、府军后卫、虎贲左卫(以上12卫，洪武时设置)。金吾左卫、金吾右卫、羽林前卫、燕山左卫、燕山右卫、燕山前卫、大兴左卫、济阳卫、济州卫、通州卫(以上10卫，永乐时设置)。腾骧左卫、腾骧右卫、武骧左卫、武骧右卫(宣德八年设置)。锦衣卫：掌侍卫、仪仗、缉捕、刑狱。旗手卫：掌旗鼓、守卫。府军前卫：统领幼军(补充兵)。金吾、羽林等十九卫，掌守卫巡警。腾骧等四卫，掌随驾护卫。
明代的军制，继承发展了唐、宋、元三朝的兵制特点，建立了卫所制。明代的军籍是世袭的，卫所兵有定籍，兵农合一，屯守兼备，不但保证了兵源，也满足了军队的供给。明代的卫所极其庞大复杂，分为直属皇帝的亲军京卫和五军都督府下辖的卫所。其中又有屯垦卫，驻守卫、戍军卫和护卫。全国的卫军人数多达二百余万，在明中后期都超过了二百六十万。
亲军上直二十六卫，分别是：金吾前卫、金吾后卫、羽林左卫、羽林右卫、府军卫、府军左卫、府军右卫、府军前卫、府军后卫、虎贲左卫、锦衣卫、旗手卫（以上旧为上十二卫）、金吾右卫、羽林前卫、燕山左卫、燕山右卫、燕山前卫、腾骧左卫、腾骧右卫、武骧左卫、武骧右卫、武功中卫、武功左卫、武功右卫（此三卫为军匠，隶属工部管辖）、永清左卫、永清右卫，已上俱不属五军都督府管辖。
五军都督府所属卫所既有在京的也有在外各省的，其中左军都督府在京管辖：留守左卫、镇南卫、骁骑右卫、龙虎卫、沈阳左卫、沈阳右卫六卫。在外下辖浙江都司十六卫、三十八个千户所；辽东都司二十五卫、十八个千户所；山东都司十九卫、十六个千户所、三个仪卫司、三个群牧所。
右军都督府在京管辖留守右卫、虎贲右卫、武德卫三卫。在外下辖直隶都司一卫，陕西都司二十八卫、十六个千户所、三个仪卫司、三个群牧所。陕西十二卫、三个千户所。四川都司十一卫、十个千户所，二个仪卫司、一个群牧所。广西都司十卫、二十三个千户所、一个仪卫司。云南都司二十卫、二十个千户所。贵州都司十七卫、十二个千户所。
中军都督府在京下辖四卫，在外下辖直隶都司二十六卫、十六个千户所、中都（凤阳）七卫、一个千户所。河南都司十二卫、六个千户所、七个仪卫司、四个群牧所。
前军都督府在京下辖三卫。在外下辖直隶一卫，湖广都司二十七卫、三十三个千户所、四个仪卫司、三个群牧所。湖广七卫、九个千户所、三个仪卫司。福建都司十六卫、二十个千户所。江西都司四卫、十一个千户所、三个仪卫司、二个群牧所。广东都司十五卫、五十一个千户所。
后军都督府在京下辖二十卫。在外知直隶三十四卫、十二个千户所。河北都司二十三卫、八个千户所。山西都司九卫、九个千户所、三个仪卫司、三个群牧所。
如今经过正统十四年的土木堡之战以及后来的京师保卫战之后，大明的军队损失惨重，且大多数都被抽调聚集北京，参与京师保卫战。地方卫所除了边防重镇以及要害区域外，大部分卫所都已经能所剩兵员不多了。
而之后的军事改革，则是直接将两京，既大明京师北京以及旧都南京的所有侍卫亲军全部裁撤干净，包括南京北京35卫，亲军都护府12卫包括锦衣卫以及京师三大营在内一个不留。
各地都司23个，所辖卫所347个也在这一次的新军移镇中有很多被直接取消，其中就包括由原左军都督府管辖的浙江都
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