西门改称阜成。对云冈石窟进行整修，“委烟火司差夫三千人改拔河道”，南移，以防水浸石佛。重建云冈十寺，“重修灵岩大阁九楹，门楼四所……凡三十楹……又创石垣五百余步”，此次修寺历时三年半，重修华严寺、大普恩寺。天会十五年（1137）诏建太祖庙于西京。金大定五年（1165）在西京营建宫室，有保安殿、御容殿及西京宫苑。并设阁门使，掌管礼仪祭奠。还设有西京宫苑使。辽金时陪都西京再度兴盛于北方，成为中原与北方少数民族交往的中转站，联系各民族的纽带，大同再度辉煌。
元初大同仍称西京。太祖七年（1212）置警巡院。至元二年（1265）省云中县入大同。元划为省、路、府（州）县四级制，至元二十五年（1288）改西京道大同府为大同路，隶属中书省河东山西道宣慰使司，管辖一领事八州。一领事是录事司，设在大同。属县有大同、白登、宣宁、平地、怀仁五县。八州为弘、浑源、应、朔、武、丰、东胜、云内。上都路管辖今大同和河北部分地区。顺宁府治所蔚州，领灵仙、飞狐、定安、灵丘，广灵。元改天城为天城县，隶属宣德府。后隶属兴和路。大德四年（1300）在西京黄花岭立屯田。六年（1302）立万户府。
明洪武二年（1369）左副将军常遇春攻取大同。明行政区划为省、府、州、县四级制，洪武七年（1374）改大同路为大同府，隶属山西行中书省。九年（1376）改为承宣布政使司。大同府治大同县，辖浑源、应、朔、蔚四州，大同、怀仁、马邑、山阴、广灵、灵丘、广昌七县。宣宁县并入大同县。明军事上实行卫所制，洪武四年（1371）置大同都卫沼白关城。洪武八年（1375）改为山西行都指挥使司。洪武二十五年（1392）徙治大同。初领卫二十六，管辖范围：东至北京的居庸关；西起黄河转弯处的偏关，东西延绵千余公里，南北亦有数百公里。其范围之大，实属九边之首。后领卫十四，有大同前卫、后卫、左卫、阳和、天成、威远、平鲁、云川、玉林、镇鲁、高山、宣德、东胜。洪武二十九年（1396）置公守冀北道，驻大同，嘉靖中移驻朔州。永乐六年（1408）置巡抚都御史。永乐七年（1409）置大同镇，设镇守总兵官，为镇之最高指挥官。成化七年（1471）设巡抚。正德八年（1513）设总制，辖13卫所，823堡寨，307座墩台。大同分4道，辖9路，驻军最多时达135778员，战马51654匹。时有“大同士马甲天下”之称。
清顺治二年（1645）五月，清王派恭顺候吴惟华攻大同，姜襄将驻同农民军将领张天琳等杀死，投降清军。清大同府治大同县，初因明治，领州四县七，隶属山西布政司，后改为山西省。顺治五年（1648）姜襄降而复叛。次年，多尔衮亲自督战围城达9个多月，城破后，清军对大同进行了最野蛮的屠城，除杀献姜襄人头的杨震威等23员及其家属外，其他所有官司吏兵民尽行杀戮，并将大同城墙拆去5尺。大同变成一座荒城，大同废，不立官，府移治阳和卫，名阳和府。大同县移治怀仁县西安堡。直到顺治九年（1652）府县才复还故址，从附近移民逐渐复兴。顺治十三年（1656）裁宣大总督，置山西总督，驻大同。康熙四年（1665）裁总督，并入雁门道。雍正四年（1726）于右玉林卫置朔平府并废除明代卫所，改天镇卫为天镇县，阳高卫为阳高县，左云川卫为左云县，右玉林卫为右玉县，平虏卫为平鲁县。大同府治所大同县，辖浑源、应州，大同、怀仁、山阴、阳高、天镇、广灵、灵丘二州七县和丰镇厅。清末大同县辖580村，城东194村，城南177村，城西91村，城北118村。朔平府治所右玉县，辖右玉、左云、平鲁、朔州、马邑。
民国元年（1912）大同废府留县，
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