利，于是他劝自己的师父一定要小心为上，毕竟华佗的妻子并没有生病，所以还是及早去荆州为曹操效力，以免将来惹祸上身。
华佗知道羊衜是一番好意，不过他还是坚持不去：
“曹操为人虽然有雄才大略，然而此人弑杀有违天道，从徐州到官渡再到柳城，直到当阳的长坂，他曹操所到之处我都仿佛听到了百姓的哀嚎声，我如果去为他的虎狼之师去医治瘟疫，那不就等于成了祝他残害生灵的帮凶吗？”
对于这个铁一般的事实羊衜自然是心知肚明，可是医者父母心，他认为曹军的士兵同样的是人，不能因为曹操的缘故就对他们置之不理。再加上曹操为人猜忌心非常重，如果华佗此次不去效命的真是原因被曹操知道的话，恐怕后果也是可以预见的。
“当他们拿起武器杀害平民的时候，就已经不能算是人了，我知道这件事瞒不了多久，也从没有想过自己会安然脱身。”华佗早已经抱着必死的决心，只是他担心自己的精湛医术没有人能够继承下去，所以他将麻沸散和五禽戏的相应手记都交给了羊衜，并嘱咐说：
“我料想曹操不久便会派人来拿我，为了免遭牵连你赶紧带着发儿离开这里，如果遇到蔡珏的话，你告诉她无论将来发生什么都不要来救我，这已经是我唯一的归宿了。”
不久之后，华佗以谎言拒绝从仕的消息还是不胫而走，曹操大怒，下令留守许都的荀彧派人用囚车将华佗押进大牢。起初曹操只是想稍加惩戒一下华佗，最终的目的还是想要逼迫他乖乖来的阵前为自己效力，不过华佗被捕入狱后拒绝了荀彧多番好意相劝，将曹操仅剩的一点耐心磨得一干二净，也最终让曹操下定了要诛杀他的决心。
跟在曹操身边多年的荀彧深知曹操的秉性，他赶紧亲自写书信派人飞马星夜传至曹操处，恳求曹操看在华佗医术高明、世间罕有的份上，放华佗一条生路。
但是曹操态度坚决，他对荀彧派来的信使怒声斥责道：
“天下行医者众多，难道就找不出第二个华佗吗！”
华佗在入狱的这段时间内亲笔写下了《百毒秘录》，也就是之前交给羊衜的手记之中关于解毒之法的杂文全部统一起来写了进去，在临刑之前他想要将这卷书交给狱卒，恳请他们转交给羊衜，但是狱卒害怕自己这样做可能会触怒曹操，所以拒绝转交。
无奈之下华佗叹了口气：“哎...看来只好让羊衜他自己慢慢学习整理了...”
不久曹操下令在狱中将华佗处死，《百毒秘录》也不知所踪，不过在司马懿和程昱的力劝之下，曹操没有将华佗的罪名波及到他的家人，因此羊衜父子和华佗的家眷都幸免于难。
虽然曹操一怒之下杀了不听从自己征召的华佗，却也不得不面对瘟疫无法遏制的现实。
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