三千和尚大战一场。扶桑和尚虽然好战，却没有少林寺那般的高手。双方既不会罗汉拳，也不会伏魔掌，拿着木棒砖头之类的乱打。所以结局丝毫没有意外：人多的一方获胜。以仁王手下的武士们战力不凡，砍下了数十颗光头。堪增和尚身手重伤，依靠徒弟的拼死保护捡回一条性命，灰溜溜地逃回自己寺庙中去了。
自己打不过，那只好叫家长了。于是在源行家奔忙在扶桑四岛的同时，堪增和尚的信使也出发了。
堪增和尚的信很快送到了扶桑相国平清盛手中。平清盛却不知道以仁王举兵是受了源赖政的撺掇，派源赖政的次子源兼纲率大军讨伐。
源赖政立刻给以仁王写信，信中写道：“殿下谋划之事已经败露，平清盛已经举兵来伐。请殿下移驾三井寺，臣将尽快派兵来保护殿下。”
以仁王一时慌了神，不知如何是好。幸亏身边有一个叫做长兵卫尉信连的侍卫临危不乱，建议以仁王装扮成少女模样，逃往三井寺。以仁王无奈，披散头发、穿上斗篷，戴上女式的斗笠，在一名叫做鹤丸的僮仆的陪伴下顺小路一路北逃。
以仁王主仆慌不择路，沿小路走到尽头后又拐上大路向东，渡过贺茂川，来到了如意山。
以仁王虽然是闲王，但自小养尊处优，哪里受过这种苦楚？奔走了一夜，脚底磨破了皮，流出了血来。幸好小仆不断估计，经过一夜的奔波，总算成功抵达三井寺。众僧人接下，以仁王就暂时在三井寺住了下来。平清盛不知道以仁王的去向，以为已经逃远了，加上源兼纲的遮掩，本来暂时已经安全了。
然三井寺的和尚却多事，自认为本寺势单力薄，因此写信给延历寺、兴福寺求援。信中写道：“平清盛肆意横行，把持朝政，蔑视佛法，天下人无不愤恨。十六日一早，以仁王偷偷来到我寺，我寺势单力薄，恐怕难以护他周全。延历、兴福两寺庙，虽然和我三井寺并非同一门派，但却像鸟的双翼、车的两轮，缺一则不能完成这件大事。因此我三井寺希望得到贵寺协助，共襄盛举。”
兴福寺回信表示愿意协助，延历寺的和尚却较起真来，对于三井寺和尚将延历寺视为“羽翼、车轮”的口吻十分不满，认为轻视了延历寺，于是拒不发兵。
消息走漏，平清盛派四子平知盛亲自带兵讨伐，双方人马大战于宇治川。三井寺的和尚们如何能与职业军队相比？于是大败。率军来援的源赖政以七十高龄战死，以仁王继续逃往光明山，最后于鸟居前落马身亡。
此时的武十郎随松浦保昭大军昼夜兼程，全速赶往京都。得知以仁王的死讯之后，一时间彷徨不知何往。于是派出细作四处打探消息，得知各地的源氏势力已经在陆续起兵，招兵买马准备进攻平清盛。
而最重要的一个消息，来自伊豆国：源义朝第三子源赖朝，趁平清盛出兵征伐以仁王之机会，派遣其岳父北条四郎时政，夜袭山木馆。
讨平令旨陆陆续续到达在各地蛰伏的源氏，其中一人即为河内源氏的源赖朝。在伊豆蛰居的源赖朝与北条时政合谋，开始秘密纠结伊豆、相模、武藏的源氏势力，于8月17日袭杀平氏在伊豆的监管山木兼隆。之后源赖朝转往相模，于石桥山遭遇大庭景亲等平氏追讨大军的夹击，惨败而逃。石桥山之战初尝大败的源赖朝辗转逃往安房，途中在海上与三浦半岛豪族坂东平氏的三浦义澄等会合。抵达安房后，源赖朝除了得到官吏阶级（在庁官人）的支持外，上总的千叶常胤、武藏的足立远元、畠山重忠等平氏或藤原氏地方豪族，由于当时武士身份的领地不甚稳定，为了更进一步巩固武士阶级的权力与利益也陆续加入，源赖朝的势力迅速壮大。10月6日，源赖朝入驻过去也是河内源氏祖先经略之地的镰仓。此时，源赖朝已实质控有关东南部。在关东的另一方面，甲斐源氏的源信义（又称
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